1923年冬，军阀混战，民不聊生。苏州郊外的静怡庵遭军阀烧毁，小尼姑无瑕带着重伤的师太逃出，师太临终前，说出了无瑕本是苏州郁家绣坊长女的身世，无瑕十分震惊。一路逃亡的无瑕，巧遇北平霍府的大少爷霍冬青。冬青不仅救了无瑕，还将她送到了苏州。

电影《牡丹仙子之皇帝诏曰》讲述的是 “天下第一牡丹”的故事。冬日，武则天下旨要百花开放，看护牡丹的花女瑞玉（袁菲饰），执意守护花期，不肯让牡丹违时开放，被武则天贬往洛阳。流放途中，瑞玉无意得到武承嗣谋反证据，而被武三（郭丰周饰）一路追杀。途径古县时，又遇瘟疫肆虐，民不聊生。瑞玉劝说押送官兵能稍作停留，为百姓治病。同时，狄仁杰得知证据去向，派出侍卫唐大成（黄榛饰）暗中保护瑞玉（袁菲饰），贫瘠的古县城即将掀起一场血雨腥风……

影片记述了老一辈戏曲艺术家还沉浸在要把世界经典戏曲《牡丹亭》传承进行到底的时候，年轻人却在外来文化的冲击下，改变了自己的追求，两种文化必然会发生激烈的碰撞。