在正在旅行的小智一行人面前，突然出现了一个笼罩着白烟的庞然大物从天而降落在他们的面前，落下的震荡和冲击导致四周一片混沌。在白烟和尘土中出现的是一个巨大的身影——正是梦幻之神奇宝贝ボルケニオン。 在远离人烟的浓雾高原上，和被人类伤害过的神奇宝贝们共同生活的ボルケニオン，实际上非常讨厌人类。无视小智一行人匆忙离去的ボルケニオン，立即准备离开，但从天而降的冲击使奇妙的装置把它和小智粘在一起，两位无法分开。束手无策的ボルケニオン只好拖著小智继续跑去。 在另一个地方，巨大的齿轮在四面八方持续转动着。超级机械都市水银

某天，一个叫“灵狐超人”的神秘超人放出怪兽，企图抢夺维持智能次元平稳运作的关键核心“智能终端”。为了保护智能终端，铠兽超人们一次次出动，与灵狐超人斗智斗勇，守护城市安全。可就在一次对抗中，阿呜意外发现灵狐超人的真实身份竟然是自己班上刚来的转学生沐雪。而真正想要智能终端的，其实是一个叫做波尔的人。波尔他为了自己的私欲，欺骗并逼迫沐雪帮他做事。在阿呜等人的帮助下，沐雪看清了波尔的真面目， 迷途知返。最终，阿呜等人和沐雪一起粉碎了波尔的阴谋，成功保住了智能终端，也守护了城市和智能次元的和平。